魏晋南北朝时期是香熏发展史上重要的承上启下时期。此时进入中原的外来香药品种不断增加，当时志传类著作如《南州异物志》、《广志》、《南方草木状》等都记录了不少香药的内容。隋唐两宋时期，香熏的发展进入鼎盛期，香熏的使用更加系统化、精细化。
一、士大夫的香熏时尚
魏晋时，男子熏衣之风尤为突出，如西魏时，文帝曹丕好熏香，竟因香气太盛而致马匹受惊，《魏书·方技传》载曰“马恶衣香，惊啮文帝膝”；尚书令荀彧特别喜爱熏衣，时人称“荀令君至人家，坐处三日香”，因而有“荀令留香”的典故（《襄阳记》）。到了南北朝时期，据《颜氏家训》记载，贵族子弟已是“无不熏衣剔面”了。
此时，文人们写出了不少与香熏有关的文学作品，如曹丕、曹植的《迷迭香赋》，傅咸、成公绥的《芸香赋》等等。香学专著也开始出现，如南朝范晔著有《和香方》，其自序中载有关于各种香料特点和使用注意事项的论述：“麝本多忌，过分即害；沉实易和，盈斤无伤。零藿燥虚，詹唐黏湿。”
二、宫廷的香熏生活
隋唐两宋时期，皇亲贵戚和享有一定社会地位的文人仍是用香的主要阶层，他们不仅继承了前人对香的爱好，还赋予其更加丰富的内涵：宫廷中用焚香来显示庄严和礼遇，并写进制度；权贵们将奇香作为炫耀的资本，用以互相比试；而文人则将焚香视作优雅生活的标志，将其发展成清玩之事。
如《新唐书·仪卫志》中提到“朝日，殿上设黼扆、蹑席、熏炉、香案”，这种制度在唐诗中也得到了反映，贾至《早朝大明宫》：“衣冠身惹御炉香”，杜甫和诗“朝罢香烟携满袖”等等，可见当时确有朝会熏香之制。唐朝时，海陆交通发达，国力强盛，四海来朝，各国都将自产的香药列为重要朝贡品，大量客居中原的胡商也多经营香药。唐王室在开元二年（714）于广州设立市舶使，其最初的职能就是为王室采办包括香药在内的奢侈品。通过官方朝贡、民间贸易和海外采办，进入中原的香药日益充足。有了物质基础，喜爱香熏的权贵们便兴起了“斗香”活动。
唐中宗时举办过一次高雅的比香大聚会，宗楚客兄弟、武三思以及皇后韦氏等诸亲属权臣在会上各携名香，比试优劣，名曰“斗香”。
至宋代，“焚香”已发展成文人四般闲事（焚香、斗茶、插花、挂画）之一，成为高雅情趣的象征。文人们热衷于制作和收集香方，不少香方缘此而以其名、字、号来命名，如杨吉老龙涎香、丁晋公清真香、苏内翰贫衙香、徐铉伴月香等。宋代不少文人都撰有《香谱》，从沈立、洪刍到陈敬，两宋出现的《香谱》类著作计有十数家；另有丁谓《天香传》、叶廷珪《南蕃香录》、颜博文《香史》等香学作品。香学专著的数量之众，足见文人熏香风气之盛。
唐宋时期出现了大量以贵金属等材料制作的工艺精湛的香囊（或称“香球”）等香熏器皿，唐诗人张祜《太真香囊子》诗“蹙金妃子小花囊，销耗胸前结旧香。谁为君王重解得，一生遗恨系心肠”就是喟叹唐明皇李隆基与杨玉环生死别离后，见到所留遗物“香囊”而作。
三、医、道用香
道家认为香可以辅助修道，东晋《太丹隐书洞真玄经》曰“烧青木香及熏陆安息胶于寝处头首之间者，以开通五浊之臭，止地上魔邪之气，直上冲天四十里”；北魏道士寇谦之为每种斋仪都规定了相应的仪式，凡求愿、治病、超度亡灵等都须先起香火、拈香诉愿。葛洪《抱朴子内篇·黄白》载炼丹、斋醮时须焚香：“凡作黄白，皆立太乙、玄女、老子坐醮祭，如作九丹法，常烧五香，香不绝”。
此时香药在医疗上的用法也日趋丰富，包括了内服、佩带、焚烧等各种方法。《抱朴子内篇》中有不少涉及香的内容，如论述香药之珍贵“人鼻无不乐香，故流黄、郁金、芝兰、苏合、玄胆、素胶、江离、揭车、春蕙、秋兰，价同琼瑶”（见“辨问”）；另有入山辟蛇法，“以麝香丸著足爪中，皆有效也”（见“登涉”）等等。又《肘后备急方·治面疱发秃身臭心惛鄙丑方》载有“六味熏衣香方”，方用沉香、麝香、苏合香、白胶香、丁香、藿香，为医籍收录香方的较早记载。陶弘景在《本草经集注》中也收录了苏合香、龙脑香、熏陆香等外来香药，并且在为多种香药作注时，多有提及“道家用以合香”之语；其《登真隐诀·卷下·章符》则曰“因病入静，需四面烧香，安四香炉”。
此外，《隋书·经籍志》中著录有《香方》（宋明帝撰）、《龙树菩萨和香法》、《杂香方》、以及《杂香膏方》等，虽然书籍已佚，但已经能够反映出当时香方的丰富繁荣状况了。
此时由于江浙一带青瓷的兴盛，一时各种青瓷熏炉十分普及，如现藏于浙江省博物馆、南京市博物馆、苏州市博物馆的各类青瓷香熏炉。
四、医疗用香的拓展
唐代出现了以外来香药为主要内容的《海药本草》，药典《新修本草》也收载了安息香、龙脑香等数十种香药。医家对香药的认识和应用经验较前有了很大提高，方书中香熏方剂的数量开始增多，《千金方》、《外台秘要》收录的熏衣香方、防疫香方和一般焚香方有数十首之众，如熏衣香方、湿香方、百和香、裛衣香方等。至宋代，香药进口量大增，社会生活中处处用香，医家对香药的应用也更加熟练，大量香熏方剂出现在《太平圣惠方》、《苏沈良方》等方书中，《太平惠民和剂局方》更是专辟“诸香”一节，载芬积香、衙香、降真香、清远香等；香熏的应用范围亦有所扩大，涉及熏衣、防疫、祛秽、醒神、治疾等多个方面。